Warning message

Nemate dozvolu za prikaz ovog resursa!
prikaz prve stranice dokumenta Ispravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa
Rad nije dostupan
diplomski rad
Ispravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa
Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. urn:nbn:hr:168:246578
Čeple, Kristijan
Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Citirajte ovaj rad

Čeple, K. (2023). Ispravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa (Diplomski rad). Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:246578

Čeple, Kristijan. "Ispravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:246578

Čeple, Kristijan. "Ispravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa." Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:246578

Čeple, K. (2023). 'Ispravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa', Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, citirano: 13.01.2025., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:246578

Čeple K. Ispravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa [Diplomski rad]. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva; 2023 [pristupljeno 13.01.2025.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:246578

K. Čeple, "Ispravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa", Diplomski rad, Sveučilište u Zagrebu, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:246578

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:168:246578
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovIspravak pogrešaka u dugačkim očitanjima korištenjem FM-indeksa
Naslov (engleski)FM-index based long reads error correction
AutorKristijan Čeple
MentorMirjana Domazet-Lošo (mentor)
Član povjerenstvaMirjana Domazet-Lošo (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaIvica Botički (član povjerenstva)
Član povjerenstvaDanijel Mlinarić (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Zagrebu
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Zagreb
Datum i država obrane2023-02-23, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		TEHNIČKE ZNANOSTI
Računarstvo
Sažetak
Ovaj diplomski rad se bavi korištenjem FM-indeksa izgrađenog nad skupom kratkih očitanja u svrhu ispravljanja skupa dugih očitanja. Pomoću FM-indeksa implicitno se reprezentiraju svi de Bruijn grafovi za k-mer proizvoljne duljine. Pomoću 2 prolaska se ispravljaju duga očitanja, a zbog toga što su duga očitanja međusobno neovisna se ispravljanja mogu i paralelizirati. Prvi prolaz koristi manji k-mer i ispravlja većinu grešaka (orijentiranost na ispravak detalja), dok drugi prolaz koristi duži K-mer i ispravlja dugačke i/ili repetitivne regije. Nakon ispravljanja dugačkih očitanja, ona su puno veće točnosti, te se mogu dalje koristiti za sastavljanje genoma, koje je puno jednostavnije i efektivnije uspoređeno sa sastavljanjem genoma s kratkim očitanjima.
Sažetak (engleski)
This master’s thesis focuses on using an FM-index (built from a short read dataset) for correcting the long read dataset. The FM-index implicitly represents all de Bruijn graphs for arbitrary length kmers. Each long read shall be corrected using two passes - one with a shorter kmer, and the other with a longer K-mer. Short k-mer passes will do most of the correction, as they can pinpoint and correct defects in detail, while long K-mers will correct long and repetitive regions. After both passes are done, the accuracy of the long reads is increased. Because the long read dataset is made up of many independent long reads, this process can be parallelised. The corrected long reads can now be successfully used in downstream applications, such as genome assembly. The important thing to note is that genome assembly is much faster, simpler and more effective using the long read dataset, as compared to using the short read dataset.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:168:246578
Studijski programNaziv: Računarstvo
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka računarstva (mag.ing.comp.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaZatvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Javna napomena
RepozitorijRepozitorij FER-a
Datum i vrijeme pohrane2023-07-13 10:00:11