Testing the interaction of flavonoids with protein disulfide isomerase PDIA3 and the effects on protein biological properties

diplomski rad

• Autor: Ines Kanski
• Mentor: Olga Gornik (mentor)
• Član povjerenstva: Olga Gornik
• Član povjerenstva: Sandra Šupraha Goreta
• Član povjerenstva: Suzana Inić
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Farmaceutsko-biokemijski fakultet; (Zavod za biokemiju i molekularnu biologiju); Zagreb
• Datum i država obrane: 2015-09-14, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: BIOMEDICINA I ZDRAVSTVO; Farmacija; Farmacija

Sažetak

U okviru ovog diplomskog rada istražena je interakcija između odabranih flavonoida (eupatorin, apigenin, apigenin-7-glukozid, kempferol, naringenin, 3-O-metilkvercetin, cijanidin, genistein, luteolin-7-glukozid) sa proteinom ERp57 koji spada u skupinu disulfid-izomeraza (PDI). Za procjenu vezanja flavonoida sa proteinom ERp57 korištena je fluorescencijska spektrofotometrija i učinak gašenja fluorescencije, dok je za ispitivanje utjecaja flavonoida na vezanje ERp57-DNA korištena migracijska elektroforeza (EMSA). Također je testiran utjecaj flavonoida na aktivnost i stabilnost proteina. Apigenin i eupatorin pokazali su najmanju konstantu disocijacije, odnosno najveći afinitet za ERp57 te ih to čini najboljim molekulama za vezanje na protein ERp57. Potvrđena je važnost hidroskilne skupine za interakciju flavonoida sa proteinom.

Sažetak (engleski)

In this thesis, interaction between a protein that belongs to the family of protein disulfide isomerases (PDI)- protein ERp57, and chosen flavonoids- eupatorin, apigenin, apigenin-7-glucoside, kaempferol, naringenin, 3-O-Methylquercetin, cyanidin, genistein and luteolin-7-glucoside was tested. Interaction between ERp57 and flavonoids was assessed using fluorescence quenching method, while electrophorectic mobility shift assay (EMSA) was used to evaluate flavonoid effect on ERp57-DNA interaction. Flavonoid influence on protein activity and protein stability was also tested. Apigenin and eupatorin showed the lowest dissociation constant and the highest binding affinity to ERp57, making them the best compounds to be used as selective inhibitors/modulators of ERp57 biological activities.

• Ključne riječi: flavonoidi; apigenin; eupatorin; ERp57; gašenje fluorescencije
• Ključne riječi (engleski): flavonoids; apigenin; eupatorin; ERp57; fluorescence quenching
• Jezik: engleski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:163:378527
• Studijski program: Naziv: Farmacija; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: integrirani preddiplomski i diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra farmacije (mag. pharm.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Repozitorij: Repozitorij Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu
• Datum i vrijeme pohrane: 2016-01-22 15:11:55